羊肚菌菌丝生长与子实体生长都会发生病虫害，以预防为主，保持场地环境的清洁卫生。播种前进行场地杀菌杀虫处理，后期发生虫害，在没出子实体之前可喷10%石灰水，杀灭害虫与杂菌。
羊肚菌主要晒干或烘干。在进行干燥时注意不要弄破菌帽，保持其完整。可用烤烟房烘干或在阳光下晒干，不能用柴火烟熏，以免影响质量。分等级在塑料袋内防潮保存。
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